虽然6D在体魄上确实不如5D II那么的威猛，但它毕竟是新产品，尤其在对焦系统上肯定要比几年前的5D II更加出色。佳能6D使用的是11点对焦系统，中央焦点在使用大于等于F5.6光圈镜头时为十字型感应器，在使用大于等于F2.8光圈镜头时为横向线型对焦感应器，并且该中央对焦点可支持在-3EV弱光环境下完成对焦工作。
佳能6D全新研发的11点对焦系统
佳能5D II采用的9点对焦系统，其中央还包含6个不可见的辅助对焦点
而佳能5D II使用的是9点对焦，中央焦点在使用大于等于F5.6光圈镜头时为纵向线型对焦感应器，在使用大于等于F2.8光圈镜头时为横向线型对焦感应器。也就是说，佳能5D II中央对焦点只有在使用大于等于F2.8光圈镜头时才是十字型对焦感应器，在其它光圈下只能用到精确度较低的线型感应器。难怪当年那么多人都在吐槽佳能5D II的对焦系统，这不是逼着大家集体都要上F2.8大三元镜头吗。
佳能6D/5D2对焦测试环境示意图
